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        分子蒸餾是一種在高真空下操作的蒸餾方法，這時蒸氣分子的平均自由程大于蒸發表面與冷凝表面之間的距離，從而可利用料液中各組分蒸發速率的差異，對液體混合物進行分離。
        （1）進料系統，系統的高真空，待分離物料應先脫氣，大規模工業生產則應單獨設置真空脫氣系統。料液貯罐應設置加熱和攪拌裝置，這樣在料液被送入蒸餾器之前，可在貯罐中先行預熱，以增加蒸餾效率。
        （2）蒸餾器，蒸餾器在運轉時內部處于高真空狀態，在進行分子蒸餾的傳質和傳熱研究中，需要蒸餾器內部的溫度和壓力分布數據，而目前的普通分子蒸餾裝置能測量蒸發面加熱介質的溫度和真空泵接口處的壓力。因此，對主要用于實驗研究的小型分子蒸餾器，若能在蒸餾器內的適當位置設置溫度和壓力檢測探頭，以獲得蒸發面與冷凝面之間的溫度和壓力分布數據。
        （3）餾分收集系統，餾分在常溫下可能呈固體狀態，因此餾分收集系統應設置保溫或加熱裝置，不讓餾出液或殘液在流出過程中可能冷卻成固體而堵塞管道。對主要用于實驗研究的小型分子蒸餾器，接收器的結構宜采用多級接收形式，這樣可通過調節閥門或轉盤實現在不停車的情況下收集不同操作條件下的餾分，從而給實驗研究帶來方便。
        （4）冷卻系統，控制冷卻系統溫度的恒溫水浴應具有加熱和制冷兩種功能。有加熱功能，則在氣溫較高且蒸餾溫度較低的情況下，可能會因溫差過小而使冷凝不好，導致產量下降，嚴重時還會引起冷凝溫度不穩定，使測量誤差增加，導致實驗結果不平行。